Partenaire 
historique, la Région Bourgogne Franche Comté soutient le développement de l'Observatoire BBC depuis plusieurs années.
Des conventions annuelles ont permis de publier des retours d'expériences sur plusieurs bâtiments lauréats des dispositifs Effilogis existants (www.effilogis.fr).
En octobre 2020, une convention de coopération a été signée entre Effinergie et la Région Bourgogne Franche Comté afin d'intégrer, dans l'Observatoire BBC, les données technico-économiques des maisons rénovées au niveau BBC issues de la base de données Effilogis. Ce partenariat a permis d'intégrer plus de 300 nouveaux projets et de renforcer l'expertise de l'Observatoire BBC sur la rénovation globale et performante.
Ce partenariat se poursuit en 2022 avec 
l'intégration dans l'Observatoire BBC des logements sociaux et des bâtiments publics rénovés au niveau BBC.